El Honda CR-Z ha sido sometido a los tests de seguridad del Euro NCAP, y ha conseguido la máxima puntuación (5 estrellas), dentro de los nuevos tests revisados del organismo europeo, que entraron en vigor el pasado mes de febrero del año 2009.

Así, este modelo de Honda ha conseguido una de las puntuaciones más elevadas, (entre ellas la protección ante atropellos de peatones, gracias a su moderno diseño, aunque, exceptuando, las zonas laterales, que ha recibido una calificación como «marginal»). En protección de ocupantes adultos ha conseguido un 93%, en niños un 80%, ante peatones un 71%, y en equipos y elementos de asistencia de seguridad un 86%.