Aquí haremos un breve resumen de la historia que dio inicio a toda la serie de aventuras protagonizada por nuestra heroína Lara Croft.
La historia comienza cuando una explosión nuclear en Los Alamos, Nuevo México arroja una pieza de un artefacto al cielo la cual aterriza en un desconocido y desierto valle. Desde un hotel en Calcuta, capital del estado indio de Bengala Occidental, un desconocido llamado Larson envía un mensaje para concertar una cita con la célebre arqueóloga británica Lara Croft.
Jacqueline Natla, Presidenta de una Corporación Dermoestética, le ofrece a Lara el trabajo de buscar este artefacto llamado Scion. El Scion supuestamente contiene «poderes desconocidos» del Atlantis.
Lo primero que debe hacer es ir a la Ciudad de Qualopec, una antigua ciudad Inca, en Perú, y encontrar la primera pieza del Scion. Junto a un guía encuentra la entrada a la ciudad perdida. Estaban a punto de entrar en la caverna, cuando de repente unos lobos atacaron a su compañero. Trataron de lidiar con el ataque pero fue inútil; cuando Lara finalmente acaba con todas esas fieras, su compañero Deek yacía en el suelo, muerto. Lara decide continuar sola, y entra a las puertas abiertas. Éstas de repente se cierran detrás de ella. Larson le dice a Lara que Natla ha enviado a Pierre para encontrar las otras dos piezas del Scion en el Monasterio de St. Francis en Grecia. Después de eso, Larson quiere matar a Lara e ir por la otra pieza pero ella es mejor que él y lo vence.
Lara va a las oficinas de Natla y busca la información para encontrar la siguiente pieza del Scion. Encuentra unos jeroglíficos egipcios de la pared y la tapa de una tumba. Luego, se adueña de las dos piezas del Scion y al juntarlas es trasladada, a través de un sueño sobre el Atlantis, a una escena de antiguos rituales. El sueño le muestra donde esta localizada la ultima pieza del Scion; en las ruinas del viejo Egipcio. Sobre una motocicleta, ella va en busca de la última pieza. Cuando sale de la cueva, hay algunos hombres contratados por Natla que la observan, y le quitan a Lara sus pistolas y las tres piezas del Scion. Entonces, Natla ordena que maten a Lara. Pero ella se escapa saltando por un precipicio hacia el río.
Una vez que Natla y sus compañeros se van, Lara conduce su motocicleta y los alcanza. Cuando llega a un embarcadero, se da cuenta de que la tropa de Natla tiene un yate y están a punto de partir. Usando su vehículo, acelera y salta al agua. Nadando alcanza el yate y, evitando a los guardaespaldas de Natla, sube al bote.
Una vez dentro del bote, busca un escondite donde dormir. Al despertar, el yate esta parado al lado de una isla. Cuando ve a Natla, ella esta poniendo el Scion en una mesa vieja, suspendida por un campo magnético, cuando este de repente gira y se activa. La montaña se mueve y revela la Pirámide de Atlantis.
Luego, Lara se acerca a la misma mesa donde estaba Natla y entra en otro sueño con rituales del viejo Altantis con Natla siendo acusada por los poderes del Scion. Cuando da un paso para atrás, Natla se enfrenta a ella mostrando los poderes del Scion. Es entonces, cuando Lara desenfunda sus pistolas, pero Natla la empuja hacia el final de la plataforma, cayendo ella también. Lara se agarra a la plataforma mientras Natla cae hacia su muerte. De repente, la pieza en la parte de arriba de la pared empieza a moverse. Al escapar Lara de la Pirámide, Atlantis explota. Cuando nuestra guerrera nada hacia el yate y escapa, la historia termina.
